Pelayanan yang dilakukan di Rumah Sakit Islam Jakarta tidak hanya terfokus kepada kesehatan secara fisik dan psikologis saja akan tetapi dilakukan melalui pendekatan agama. Layanan rohani tidak hanya ditujukan kepada pasien dan keluarganya akan tetapi berikan juga bagi karyawan dan keluarganya.

Pelayanan lain yang tergabung dalam Layanan rohani adalah :

• Layanan Ambulance dan penyelenggaraan Jenazah "Nafsul mutmainnah"
• layanan konsultasi keluarga sakinah